Historia obecnej Biblioteki Uniwersyteckiej we Wrocławiu zaczęła się w pierwszych dniach maja 1945 r., gdy do miasta przybyła, kierowana przez prof. Stanisława Kulczyńskiego, grupa naukowa. Czołówka grupy naukowej której zadaniem było utworzenie nowej biblioteki znalazła siedzibę w niezniszczonych w czasie wojny pomieszczeniach Stadtbibliothek (d. Biblioteki Miejskiej). Pierwszym dyrektorem Biblioteki został jeden z członków grupy dr Antoni Knot.
Choć baza tworzącej się od podstaw polskiej Biblioteki Uniwersyteckiej została zlokalizowana na terenie ocalałej od zniszczeń wojennych dawnej Biblioteki Miejskiej – w jej skład weszły bardzo różnorodne zbiory. Pochodziły one nie tylko z dawnych bibliotek Wrocławia, które podczas wojny częściowo ewakuowano poza granice miasta, ale i z całego Dolnego Śląska.
Do nowej Biblioteki Uniwersyteckiej zostały włączone zbiory dwóch przedwojennych bibliotek Wrocławia: dawnej Biblioteki Miejskiej oraz dawnej Biblioteki Uniwersyteckiej. Zachowane w większości zbiory dawne Biblioteki Miejskiej (352350 woluminów) utworzyły znaczący zespół, przekazany na własność Bibliotece Uniwersyteckiej w dn. 8 VI 1946 r. Jako drugą grupę wymienia się ocalałą część z dawnej Biblioteki Uniwersyteckiej. Część tego księgozbioru została spalona razem z budynkiem mieszczącym się na Wyspie Piaskowej, część ewakuowana do kościoła św. Anny spaliła się 11 i 12 maja 1945 r., a część wywieziona poza miasto w czasie wojny i stopniowo rewindykowana w latach 1945 i 1946 – dała liczbę ocalałych 211917 woluminów.
W skład zbiorów nowotworzonej biblioteki weszły też mniejsze zbiory zdekompletowane m. in. piastowskiej biblioteki z Brzegu i księcia Jerzego Rudolfa z Legnicy, biblioteki z jezuickiego gimnazjum w Kłodzku, fragmenty biblioteki Milicha ze Zgorzelca, zbiory biblioteki kościoła św. Piotra i Pawła w Legnicy, cystersek z Trzebnicy oraz grupa zbiorów zabezpieczonych z najróżniejszych, porzuconych i fragmentarycznie zachowanych, bibliotek prowincjonalnych ze Śląska.
Nowo otwarta biblioteka od 1945 r. była wzbogacana nabytkami, zwłaszcza wydawnictwami polskimi, zgodnie z ustalonym uniwersalnym profilem gromadzenia zbiorów, wynikającym z charakteru biblioteki uczelnianej oraz jej roli w regionie – jako biblioteki specjalizującej się w piśmiennictwie dotyczącym przede wszystkim – Śląska.
Obecna Biblioteka Uniwersytecka w swojej części historycznej zbiorów jest spadkobierczynią dziedzictwa kulturowego związanego nie tylko z regionem. W 1702 r. z otwarciem Uniwersytetu Leopolda wiąże się początek funkcjonowania biblioteki, w skład której wchodziły najstarsze zbiory określane mianem Bibliotheca Vetus i zbiór pochodzący z zapisu biskupa Karola Franciszka Neandra. W 1811 r., po połączeniu wrocławskiej Leopoldiny i frankfurckiej Viadriny, weszły one w skład nowoutworzonej przy ówczesnym Uniwersytecie Biblioteki zlokalizowanej w budynku na Wyspie Piaskowej. Jest to budynek, który został zbudowany w XVIII w. dla zakonu kanoników regularnych św. Augustyna, działającego od XII w. Po sekularyzacji klasztorów przez władze pruskie w 1810 r., budynek w roku 1811 przeznaczony został na Centralną Bibliotekę, powstałą w oparciu o zbiory biblioteczne z sekularyzowanych klasztorów. Zamiar utworzenia Biblioteki Centralnej zrealizowany został tylko w części, a jej zbiory wzmocniły księgozbiór połączonych w 1811 r. bibliotek: Uniwersytetu Viadrina z Frankfurtu i jezuickiego Uniwersytetu tzw. Leopoldiny. Od 1815 r. biblioteka uzyskała nazwę Königliche u. Universitäts-Bibliothek. W latach 1872-1886 jej dyrektorem był Karol Dziatzko – autor wydanych w 1886 r. przepisów katalogowania alfabetycznego, mających na celu ujednolicenie katalogów w bibliotece.
Zbiory dawnej Biblioteki Miejskiej utworzonej w latach 1865-1867 składały się z trzech połączonych bibliotek wrocławskich. Pierwszą z nich była biblioteka patrycjusza wrocławskiego – Tomasza Redigera, który w swym testamencie zapisał miastu zbiór, przechowywany przez pewien okres czasu w kościele św. Elżbiety i przekazany na użytek publiczny dopiero w 1661 r. Drugim księgozbiorem była biblioteka przy kościele św. Marii Magdaleny. Jej zaczątkiem jest część pochodząca z zapisu zbiorów Jana Hessa, zmarłego w 1547 r. Trzecim członem dawnej Biblioteki Miejskiej była biblioteka przy kościele św. Bernardyna, której początków doszukują się historycy w 1502 r.
Określony charakter zbiorów dawnej Biblioteki Miejskiej wynikał z gromadzonych dotychczas materiałów i kontynuacji gromadzenia zbiorów humanistycznych. Zbiory te – częściowo tylko zniszczone w okresie ostatniej wojny i z zachowanym katalogiem – do dziś stanowią dokument życia kulturalnego Wrocławia.
Obecnie Biblioteka ma swoje pomieszczenia w kilku miejscach. Najistotniejsze, z punktu widzenia szerokich rzesz użytkowników, znajduje się przy ul. Szajnochy 7/9. Jest to pseudogotycki budynek z czerwonej cegły – tzw. „Redigeranum” gdzie, oprócz Czytelni Głównej znajdują się: katalogi, informatoria, wypożyczalnie i magazyn główny. W sąsiadującej z nim przy ul. Szajnochy 10 kamienicy z 1785 r. dawniej znajdował się bank. Budynek przystosowano dla potrzeb biblioteki i dziś mieści większość pracowni, takich jak: gromadzenie, opracowanie, a także: dyrekcję i administrację.
Zbiory specjalne znajdują się przy ul. św. Jadwigi 3/4 w budynku dawnego klasztoru augustianów. Po odbudowie w latach 1956-1959 budynek ten został przeznaczony na zbiory: starych druków, rękopisów, zbiorów graficznych, kartograficznych i muzycznych. Mieści też zbiory Gabinetu Śląsko-Łużyckiego, Oddziału Bibliologicznego oraz Pracownię Konserwacji Zbiorów Specjalnych i Pracownię Reprograficzną