Biblioteka Jagiellońska (BJ, tzw. Jagiellonka) – główna biblioteka Uniwersytetu Jagiellońskiego, która wraz z Biblioteką Medyczną Collegium Medicum oraz bibliotekami wydziałowymi i instytutowymi tworzy system biblioteczno-informacyjny UJ. Stanowi jedną z największych z bibliotek w Polsce, stąd też została uznana za jedną z bibliotek narodowych.
Zbiory biblioteczne liczyły w 2003 roku 3 926 244, z tego około połowa to wydawnictwa zwarte. Biblioteka posiada także kolekcję starodruków, inkunabułów oraz rękopisów. Zajmuje się także dokumentacją wydawnictw podziemnych z okresu PRL-u, czyli tzw. „drugiego obiegu”.
Historia Biblioteki Jagiellońskiej powiązana jest nieodłącznie z historią samego Uniwersytetu Jagiellońskiego, stąd też za datę jej utworzenia uznaje się rok 1364. Do dzisiaj zachowały się używane w XIV wieku kodeksy. Przez długi okres czasu zbiory biblioteczne, pochodzące z darów profesorów i wychowanków uniwersytetu, gromadzone były przy poszczególnych wydziałach, kolegiach, bursach studenckich. Największy ich zbiór, głównie z zakresu teologii i sztuk wyzwolonych znajdował się w Collegium Maius. Tam też po jego odbudowie na przełomie XV i XVI wieku Biblioteka uzyskała osobne pomieszczenie, zwane dzisiaj Salą Obiedzińskiego (od nazwiska profesora pomysłodawcy). Aż do 1940 roku budynek Collegium Maius był główną siedzibą Biblioteki Jagiellońskiej. W XVI wieku jej zbiory stale się powiększały, dopiero wiek XVII i XVIII przyniósł pewien kryzys.
Z pomocą Bibliotece i całemu uniwersytetowi przyszła Komisja Edukacji Narodowej w osobie Hugona Kołłątaja. Na jego wniosek połączono rozproszone zbiory i utworzono jedną bibliotekę ogólnouniwersytecką o charakterze publicznym. Przyznano także fundusz na potrzeby liczącego wówczas 1926 rękopisów i 32 000 woluminów druków księgozbioru.
Okres rozbiorów nie wpłynął korzystnie na rozwój biblioteki. Udało się mimo to uporządkować zbiory oraz rozbudować pomieszczenia. Rozkwit biblioteki na przełomie XIX i XX wieku wiąże się z osobą Karola Estreichera, twórcy Bibliografii Polskiej, który dbał zwłaszcza o wzrost liczby druków w języku polskim.
W latach międzywojennych przeprowadzono reformy w działalności Biblioteki. W latach 1931-39 postawiono nowy gmach przy Al. Mickiewicza. Zbiory przeniesiono już w czasie II wojny światowej, a Biblioteka została przemianowana na Staatsbibliothek Krakau. Polacy uczęszczająca na tajne komplety mieli nieoficjalny dostęp do zbiorów dzięki pomocy pracujących w Bibliotece polskich bibliotekarzy.
Rozwój Biblioteki po II wojnie światowej wiązał się z wprowadzeniem tzw. egzemplarzy obowiązkowych druków polskich, współpracy z bibliotekami zagranicznymi oraz ciągle dzięki rozmaitym donacjom. Od 1969 roku rozpoczęto także archiwizowanie druków polskich, a w latach 90. obowiązkiem tym objęto także dokumenty audiowizualne i elektroniczne. Przyrost zbiorów bibliotecznych wymusił rozbudowę gmachu Biblioteki, pierwszą w latach 1961-63 oraz drugą w latach 1995-2001. W latach 90. rozpoczęto także komputeryzację zbiorów. Opracowano także systemy zabezpieczające przed kradzieżą, co było następstwem zniknięcia ze zbiorów kilkunastu cennych starodruków.